在《第二次超级机器人大战Z破界篇》中，存在一些隐藏要素，以下是主要的隐藏要素列表：
剧情相关隐藏要素
阿雷路亚觉醒：第48话“拂晓之钟”中，让主天使高达与GN-X（碧利斯）战斗，并且双方均生存时，会发生特定剧情。这会导致阿雷路亚的能力强化，机师头像变更，ACE奖励变为“回避率+20%，命中率+20%”，精神指令“热血”变为“魂”，“信赖”变为“友情”，以及“集中”、“根性”、“直感”的SP消耗变为10。此外，武装TRANS-AM的击破演出也会发生变化，击坠皮里斯时强化解除，关卡后半开始时恢复强化状态，过关时完全解除。
强化配件相关隐藏要素
自动修复机械：第13话“黑色骑士团”中，让主角在基地雷达的右下（地图坐标右上角开始左11下9的位置）待机，可以发生剧情并获得强化配件“自动修复机械”。
超级修理工具包：第30话“挺直的支点”中，让乘坐布拉斯塔的主角移动到地图坐标左下角开始上6右13（要债的所在的格子）的位置待机，可以获得强化配件“超级修理工具包”。
超合金Z：第41话“玛古2”中，让甲儿移动到兜家（地图上有三个被森林围住的屋子，中央那个，可以按X键来查看地形情报），发生与暗黑寺的对话剧情后，可以获得强化配件“超合金Z”。
世界树驱动器：第33话“命贯天际”中，过关时朱雀的击坠数需在40以上。
勇者之印：第41话中，过关时可获得。
其他隐藏要素
敌人变更：第20话“砂尘中舞动的恶意”中，未击坠增援的ジｮｼｭｱ过关后，第48话“夜明けの鐘”前篇中，一机GN-X的驾驶员会变为ジｮｼｭｱ。
芯片获取：
ﾊﾛ：第48话“夜明けの鐘”结束时，ﾛｯｸｵﾝ的击坠数在70以上。
ﾕグドﾗｼﾙドﾗｲブ：第33话“天を突く命”结束时，ｽザｸ的击坠数在40以上。
机体获取：
ｽｺｰプドｯグTC·ISS（M）：第39话“ザ·ﾗｽﾄﾚｯドｼｮﾙダｰ”前半话中，ｷﾘｺ、バｰｺﾌ、ｺﾁｬｯｸ、ゴダﾝ、ザｷ每人至少击坠1机敌人，后半话中出现的ｲプｼﾛﾝ由ｷﾘｺ击坠，本话结束时ｷﾘｺ的击坠数在70以上。
ﾏｸﾛｽF换装部件：VF-25F（ｱﾙﾄ機）用部件ﾄﾙﾈｰドパｯｸ：第33话“天を突く命”结束后选择ｿﾚｽﾀﾙビｰｲﾝグ同行，第34话“ﾒﾓﾘｱﾙ·デビｭｰ”剧情中选择ﾗﾝｶ或ｼｪﾘﾙ，第37话“雄々しく……そして、美しく”中选择相同的人，第45话“ﾘﾄﾙ·ｸｨｰﾝ”发生突入剧情前ｱﾙﾄ的击坠数在70以上，ｱﾙﾄ返回时自动换装并获得。
追加机体：
眼镜犬涡轮特装型·ISS：第31话“对决!玛兹与玛古!”中用明神武说得玛古后，用明神武击坠玛古。
追加换装部件：
VF-25F（有人机）用换装部件“龙卷背包”。
塔米纳斯303用换装部件“超级背包”。
这些隐藏要素需要通过完成特定剧情、击坠特定敌人、选择特定选项或达到特定条件才能获得。建议玩家在游玩过程中仔细探索游戏世界，完成所有可能的任务和条件，以获得所有隐藏要素。
